Blogue du CIRST

Philosophie de la biologie et méthodes computationnelles. Entretien avec Jacob Hamel-Mottiez, stagiaire au BIN

Jacob Hamel-Mottiez, membre étudiant du CIRST, effectue en 2024-2025 un stage d’initiation à la recherche computationnelle au Bureau des initiatives numériques (BIN). Il s’est entretenu avec notre équipe pour partager son expérience.

Bonjour, Jacob, merci de te rendre disponible pour cet entretien. Avant d’entrer dans le vif du sujet, peux-tu te présenter en quelques mots ?

Avec plaisir ! Je m’appelle Jacob, j’ai 25 ans. J’ai un parcours académique peu linéaire : j’ai touché brièvement à l’ingénierie et à l’architecture et c’est finalement la philosophie, plus spécifiquement la philosophie des sciences, qui a retenu mon intérêt. De fait, je suis actuellement inscrit à la maîtrise en philosophie à l’Université Laval, sous la direction de Pierre-Olivier Méthot, et codirigé par François Claveau, lui aussi membre du CIRST. En dehors du cadre académique, je suis un passionné d’escalade et de café !

Tu as accepté de nous parler du stage que tu réalises en 2024-2025 au Bureau des initiatives numériques (BIN). Sur quoi travailles-tu ?

Dans le cadre de mon stage au BIN, je travaille sur la représentation de la biologie elle-même au sein de la philosophie de la biologie. Accompagné par Louis Renaud-Desjardins, je développe mes compétences computationnelles notamment avec des outils d’analyse bibliométrique, ce qui aide la réalisation de mes travaux.  

Le sujet est donc proche de tes propres recherches ? Est-il lié à ta formation, à ton sujet de mémoire ?

Le sujet m’intéressait pour différentes raisons. Premièrement, comme mon parcours peut le laisser transparaître, j’ai un fort intérêt pour les sciences de la nature et ses méthodes, notamment computationnelles. Deuxièmement, je possède un fort intérêt pour les questions de nature sociale. En ce sens, utiliser des outils bibliométriques afin de rendre possible un retour réflexif sur la manière dont la philosophie de la biologie se saisit de la biologie me semblait pertinent et alliait particulièrement bien ces deux volets. En ce qui a trait à l’intérêt de ce stage pour mon parcours de manière plus général, il va sans dire que les occasions de se former aux méthodes computationnelles en philosophie sont relativement limitées. Le stage du BIN m’a permis d’être encadré dans la poursuite de cet intérêt que je souhaitais approfondir. Enfin, du point de vue de mes travaux, le projet sur lequel je travaille en stage est directement lié à mon mémoire de maîtrise : les compétences que je développe durant ce stage me permettront de produire un travail davantage robuste, tout en me préparant pour les projets qui m’attendent au doctorat !  

Connaissais-tu le champ des humanités numériques, avant de voir circuler l’appel à candidature pour ce concours de stage ?

Oui. Je pense que cela m’a permis de mieux défendre en quoi le stage allait être pertinent pour moi, et aussi de me projeter dans ce qu’il allait pouvoir m’apporter concrètement, plus tard, en tant que jeune chercheur.

Autrement dit, tu n’as pas hésité longtemps avant de soumettre ton dossier de candidature ?

En effet, je n’ai pas eu besoin de beaucoup d’éléments pour être convaincu. Il me paraissait au contraire inconcevable de ne pas postuler, puisque ce stage allait me donner l’opportunité, si j’étais sélectionné, de développer mes compétences en méthodes computationnelles. Mais il faut aussi dire que, l’année précédente, j’avais posé ma candidature pour le même concours, et n’avais pas été retenu. Or, on m’avait encouragé à postuler l’année suivante, une fois que je serais un peu plus avancé dans mon parcours académique. J’étais donc aussi désireux de retenter ma chance, et de décrocher le stage cette fois-ci !

Comment ton stage se déroule-t-il actuellement ? Parle-nous des liens que tu entretiens avec l’équipe du BIN.

Mon stage se déroule très bien. Comme mentionné plus tôt, je suis accompagné par Louis Renaud-Desjardins. Disponible et bienveillant dans notre collaboration, il reste néanmoins exigeant dans ses attentes vis-à-vis du travail qu’on réalise ensemble. C’est donc très stimulant puisque j’ai l’impression de pouvoir explorer différentes idées tout en ayant un retour franc quant à la pertinence de ce que je produis. Dans son ensemble, je suis très heureux du déroulement du stage !

Est-ce que tu fais face à des défis ? Par exemple, est-ce difficile de concilier cet engagement avec tes études ? Et à l’inverse, quelles sont tes premières victoires ?

Le défi le plus important est possiblement le fait que je réalise, simultanément au stage du BIN, un stage de recherche à Bordeaux, en France. Cela rend la charge de travail importante, sans compter les six heures de décalage horaire avec Montréal qui rendent la conciliation des agendas plus difficile. Cependant, la flexibilité du format du stage (et celle de Louis !) fait en sorte que je peux, dans la majorité des circonstances, arrimer toutes mes obligations. Également, une difficulté que je n’avais pas envisagée avant le début du stage est que je développe des compétences techniques afin d’utiliser certains outils computationnels, mais que je dois en même temps garder un recul suffisant pour déterminer si mes propres données sont bien adaptées aux outils que je mobilise et vice-versa, et si ces outils me permettent véritablement de répondre aux questions de recherche que je me pose. Ce va-et-vient entre les périodes d’exploration des différents outils et des moments de consolidation de la compréhension de leur fonctionnement requiert un recul qu’il n’est pas toujours facile d’avoir. C’est possiblement ici que le fait d’être encadré par Louis est le plus apprécié de mon côté !

En ce qui a trait aux premières victoires, je pense qu’on peut nommer une meilleure maîtrise du langage de programmation SQL, R et, plus récemment, Python. Ces langages m’ont permis de faire un traitement rigoureux des données que nous avions. Grâce à ce traitement, j’ai pu produire quelques représentations préliminaires créées grâce à différents outils computationnels (p. ex. une analyse thématique grâce à BERTopic).

Ci-dessus, à gauche : Visualisation des thèmes des articles publiés dans Biology & Philosophy grâce à BERTopic et Datamaplot. À droite : Nuage des mots-clés les plus utilisés dans le journal Biology & Philosophy.

Projetons-nous un peu dans le futur : quels sont tes objectifs, relativement au stage ?

À la fin de mon stage, j’ai comme objectif d’avoir des données utilisables à des fins d’analyse. Plus précisément, j’espère avoir les données de mes deux corpus, celui en philosophie de la biologie et en l’autre en biologie, afin de pouvoir effectuer le travail comparatif que j’évoquais plus haut. J’aimerais également transformer ce travail en article scientifique, mais cet objectif dépassera probablement la fin du stage. Il reste encore du pain sur la planche, comme on dit !

Est-ce que ce stage change quelque chose dans ta perception de ce qu’est la recherche, par exemple dans les carrières ou les opportunités qui peuvent y être associées, dans le domaine qui est le tien ?

Certainement ! Dans un premier temps, je réalise à quel point des ressources du type de celles offertes par le BIN à sa communauté sont cruciales. Dans la culture disciplinaire qui est la mienne, c’est-à-dire la philosophie, les travaux à un seul auteur sont fréquents, ce qui ne favorise pas forcément la mise en place de telles organisations, malgré de réels besoins. Faire l’expérience d’un tel collectif de recherche, tant du point des individus que des infrastructures, me donne une vision plus claire du genre de milieu de recherche dans lequel je voudrais évoluer dans le futur.

D’ailleurs, je ne pense pas que la réussite du projet que je mène actuellement aurait été possible sans ces ressources. Je ressors de cette expérience avec une perception de la recherche qui a évolué, mais également avec le désir de valoriser ces services et ces expertises qui, dans mon expérience, ont non seulement été appréciés mais absolument essentiels.

Pour terminer, as-tu un conseil pour les personnes qui envisagent de poser leur candidature à ce stage ?

Prodiguer des conseils est toujours une tâche que je trouve délicate. Chacun et chacune auront une expérience différente étant donné la diversité des projets, de la personne qui supervise le stage, de l’arrière-plan académique et personnel de chacun, etc. Néanmoins, mon conseil est pour ceux et celles qui sont incertains : dans le doute, candidatez ! Même si vous n’êtes finalement pas sélectionné, vous aurez la possibilité d’avoir un retour constructif sur les points forts (et ceux plus faibles) de votre candidature, en vue d’un prochain concours ou d’une autre opportunité semblable. Peut-être que votre dossier n’est pas parfait, mais vos chances de décrocher le stage en candidatant sont certainement meilleures qu’en passant votre chemin !

Finalement, si jamais vous voulez discuter car vous souhaitez postuler, ou simplement pour en savoir un peu plus sur mon expérience, n’hésitez pas à m’écrire, ça me fera plaisir !

---

Merci à Jacob Hamel-Mottiez pour son temps et les photographies.

Rejoignez Jacob sur LinkedIn ou contactez-le par courriel !

Le prochain concours de stage d’initiation à la recherche computationnelle du BIN sera lancé au printemps 2025. Plus de détails sur le site du CIRST !